（建築）確認済証をとらずに着工すれば、違法です。滅多に見ません。検査済証が無い物件は多いです。

建築基準法上は完成から４日以内に完了検査を受けなければいけません。しかし、住宅に関して約２０年位前までは完了検査を受て検査済証をもらうという行為を建築主も行政もそんなに遵守していなかったと思います。

確認済証は重要でしたが、今では考えられないことですが、検査済証な対しては重要ではない感じでした。極端なはなし、適当な建築確認申請でよかったとも言えることです。

住宅金融公庫（当時）も中間検査は義務付けていましたが完了検査の義務を課さなかったということもあり、当時は銀行融資よりも住宅金融公庫の融資が圧倒的に多かったわけですから結果的に違法建築物であっても融資を受けて建築できてしまったという事例が多数あります。
また、行政も業務の繁忙のためか確認済証を出した物件にたいして完了検査申請が出なければ完了検査をしないというスタンスでしたから、建築基準法で定めがあっても完了検査を受けていない物件が多数あります。

中古住宅として市場に出ている昭和の物件ではよくあることです。仲介業者としては、このような物件を扱いなれていますからさして問題にはしません。

デメリットとしては、ローンが通らない可能性がわずかですが、あるということです。企業のコンプライアンスが問われる時代になって、金融機関は違法なものに融資しない姿勢をとっています。違法であるか適法であるかの判断材料として検査済証を添付書類とする金融機関が増えています。
また、土地の値段しか借り入れしないとしても建物が建っていれば土地・建物の両方に抵当権設定して融資をするのが一般的です。違法な建築物に対して金融機関がどのように判断するかが鍵になると思います。